Прошло много времени, с тех пор когда Наруто вернулся с тренеровок, на которые он пошёл с великим санином Джираей. Ну довольно много. За это время много чего и много кто изменился. Все уже выросли и стали сильнее и мудрее, даже Наруто немного набрался ума. Но сюжет начинается ещё дальше. Сакура и Наруто всё так же продолжают искать дорогого им человека – Саске Учиху. Придя в Ото, они всё таки нашли его, но не смогли вернуть. Изучив одну из сильнейших техник – Разенган - он не смог использовать её против Учихи. Цунаде же отправляет своего бывшего партнёра по команде на разведку в Аме, где Джирая находит логово Акацук. Но Пейна он там не находит и поэтому незнает что Нагато лидер Акацук. Удачно сделав миссию и узнав больше о силах Акацук, Джирая решает учить молодого дженчурики Наруто особому стилю боя, который доступен далеко не каждому. И это сендзютсу. Отправившись на гору Мебокузан, Наруто и Джирая отдают всё своё время тренеровкам. Те же, кто остался в Конохе, отдают себя миссиям, и ждут возвращения саннина и генина. Но это только сначала…В это время Итачи надоело страдать в пределах «Красной Луны» и ждать смерти от рук брата. Он решает отправиться в Ото и убить Орочимару. Это ему не удаётся.  Он встречает брата, и рассказывает ему историю об убийстве клана Учих. Саске же сначала не поверил этому, но вспомнив о прошлом убедился в обратном. Команда, которую создал Саске чтобы убить брата решила остаться с ним. Итачи же долгими тренировками  научил Саске технике Утаку. Саске после этого решил разрушить Коноху, но Итачи это не понравилось, и он предложил своему брату сделать обратное – Саске провозглашает себя как бы «Каге» Ото и заключает союз с Конохой. Наруто, не зная о том, что Саске теперь союзник продолжает тренировки. Кабуто, взяв ДНК Орочимару, и вселив их в себя, воскрешает пятёрку звука, и делает организацию «Фушигами», цель которой, как и цель Орочимару, получить силу. Силу они решают найти в обладателе шарингана, тоесть уничтожить Итачи или Саске. Акацукам уход Итачи не понравился, особенно Мадаре. Поскольку Итачи ушёл, он решает, провозгласит себя новым лидером. Зная, что Учихи вместе, организация Акацук понимает, что сил у них не хватит. Мадаара приходи в Суну, и с помощью гендзютсу убеждает Гаару в том, что Коноха предала Суну и хочет на неё напасть. Заключив договор Суны с Акацуками, Мадара приказывает убить Итачи и принести Саске живым. Что будет дальше, решать вам…